Principiul de dezinfecție al hipocloritului de sodiu include în principal trei aspecte:
Acidul hipocloros se formează prin hidroliză, iar acidul hipocloros se descompune în continuare pentru a forma un nou oxigen ecologic. Proprietatea puternică de oxidare a noului oxigen ecologic denaturează substanțe precum proteinele de pe bacterii și viruși, ucigând astfel microorganismele patogene.
Acidul hipocloros poate pătrunde în bacterii (virusuri) și poate reacționa cu polimerii organici, cum ar fi proteinele bacteriene (virale), acizii nucleici și enzimele, ucigând astfel microorganismele patogene.
Ionii de clorură produși de acidul hipocloros pot modifica semnificativ presiunea osmotică a bacteriilor și virușilor, determinând celulele acestora să își piardă activitatea și să moară.