Pe lângă substanțele nocive, în canalizare există nenumărate bacterii și viruși. Prin urmare, dezinfecția cu clor este utilizată pe scară largă pentru a ucide bacteriile și virușii din apă în timpul etapei de efluent a apei de la robinet și a stațiilor de tratare a apelor uzate.
În tratarea apei de răcire cu circulație industrială, clorul este, de asemenea, utilizat pentru sterilizarea și îndepărtarea algelor. În procesul de circulație a apei de răcire, datorită evaporării unei părți din apă, nutrienții din apă sunt concentrați, iar bacteriile și alte microorganisme se vor înmulți în cantități mari și vor forma cu ușurință murdăria de slime. Prea multă murdărie de slime va duce la blocarea conductelor și la coroziune.
Clorarea implică de obicei injectarea de clor în apă pentru a ucide bacteriile și alte microorganisme, de obicei în clorul îmbuteliat.
Pentru a menține efectul bactericid, clorul rezidual trebuie menținut întotdeauna la {{0}},5 ~ 1mg/L în apa evacuată și la capătul rețelei de alimentare cu apă la 0 0,05 ~ 0,1 mg/L.